อนินทิตา นาวีเสถียร ได้สมรสกับ พลตำรวจตรีเนื่อง อาขุบุตร เมื่อวันที่ 3 พฤษภาคม พ.ศ. 2474 โดยมีสมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ พระองค์เจ้าดิศวรกุมาร กรมพระยาดำรงราชานุภาพ ทรงประกอบพิธีสมรสประทานที่วังวรดิศ[2] ทั้งสองมีบุตร-ธิดาด้วยกันทั้งหมด 7 คน ได้แก่

1. พันตำรวจเอก อานนท์ อาขุบุตร (ช.)
2. อนุ อาขุบุตร (ช.)
3. รัตนา อาขุบุตร (ญ.)
4. ประภาพร ธนะรัชต์ (ญ.) สมรสกับทองดุลย์ ธนะรัชต์
5. เกษมสุข พยัคฆนิธิ (ญ.) สมรสกับร้อยตำรวจเอก กำพล พยัคฆนิธิ
6. เกียรติศักดิ์ อาขุบุตร (ช.)
7. เอกสิทธิ์ อาขุบุตร (ช.)